高骈对王仙芝来说，确实不是好消息，面对接连不断的失败，王仙芝有些失意了，心里想：“难道我要成为第二个陈胜、吴广？还是要成为第二个项羽？我还没杀进京城呢，可不能失败。”
北上申州战败后，王仙芝只好又率军南下，一路上继续招兵买马，鼓励受苦受难的穷人加入，队伍又扩充到几万人。
而曾元裕也新官上任三把火，率官军穷追不舍，王仙芝一路往南，始终甩不掉追兵。中部的荆南有高骈的官兵挡道，是不能去的，只能往湖北的东南方向逃。
一个多月后，王仙芝的农民军走到湖北黄梅县，但官军采取前堵后截的方式，他们人多，哪里都是官军的地盘。
不幸的是，农民军在黄梅山一带被包围了，王仙芝把将领们召集到一起商量如何怎么办，大将尚让请求尽快突围出去。
王仙芝说：“看来这次凶多吉少，你们大家都赶快组织突围吧，尚让带领主力尽快往北走，去找黄巢。我也尽量闯出去，如果走不了，看来我将要死在这里啦。以后你们一定要继续与官府斗，我对不住大家了。”
初春的冷风还在呜呜的吹，农民军经过几次战斗，受伤的人很多，气氛低沉。官军守住山下的各条要道，路都堵死了，夜晚，各将领带着自己的人马分头组织突围，又是一番血拼。尚让在其他将领的掩护下，从山上直接向下冲，没走主道，最终带几千人突围成功，其余的死伤惨重。
经过多次激战，起义军死伤五万人，王仙芝在突围中不幸被俘。官军与农民军的尸体遍野，河水、道路被染红了，兵器扔的到处都有。
如果军师尚君长还活着的话，王仙芝也许不会死。尚君长在农民军中号称“赛诸葛”，很有计谋，王仙芝每次战败后能东山再起，都有尚君长的功劳。这也难怪，当王仙芝得知尚君长被杀后，一定要为他报仇。
王仙芝就是唐僧肉，谁得到他谁就立大功，曾元裕杀死王仙芝，将其首级被传到京师请赏。唐僖宗大喜过望，在万岁殿大宴群臣，喝到半夜才散场。
第二天，朝廷颁下诏书：“奉天承运，皇帝诏曰：忠臣曾元裕，战场杀贼，勇猛无敌，传寇首来献，平我大唐心头之患，封平卢节度使，镇守青州。钦此！”
王仙芝死了，黄巢还在。大将尚让突围出去后，带领余部一路向北寻找黄巢去了，跟随的有李罕之、毕师铎、许勍、常宏等将领。此时的黄巢，正在围攻亳州，尚让前来与黄巢会合。黄巢对王仙芝的死赶到很悲伤，当天晚上，全军祭奠。
第二天，众人重新抖擞精神，黄巢说：“黄大将军虽然离开了我们，但我们灭亡唐朝的决心不变，昏暗的朝廷不会长久，老百姓都没有活路，会跟着我们一起干的。各地的节度也都各自看管自己的地盘，没人真心为朝廷卖命，只要兄弟们同心协力，利用他们的矛盾，用我们的长处制服他们的短处，我们一定能打到长安，让皇帝老儿下台，到时候我们一起共享荣华富贵，黄某决不食言!”
农民军经这么一鼓动，马上气氛高涨，仿佛长安就在眼前，大家高呼“跟随黄头领，打到长安城，为王大将军报仇！”
大家一致共推黄巢为首领，号称“冲天大将军”，推举尚让为副首领兼军师。黄巢为了改变农民军散漫的现象，开始设置官职属僚，尚让、朱温、黄揆、葛从周、孟楷等人都作为大将各领一支队伍。
878年三月，黄巢率农民军挥师北上，一举攻克沂州（临沂市）、濮州（鄄城县、濮阳县、范县一带）。这已经不是第一次攻下这两个地方了，但很难守住，官军一来只好撤走。
朝廷担忧起义军在该地扩大，威胁东都洛阳的安危，下诏免去崔安潜的诸道行营都统职务，急调张自勉为东北面行营招讨使追剿起义军。
黄巢在濮州遭到张自勉的忠武军攻击，张自勉会打仗，起义军屡次战败。当时，北有黄河阻挡，南有忠武军阻截，起义军处境艰难。
黄巢面对困境，只得先暂时低头，他假意答应投降，请唐朝天平节度使张扬代奏朝廷。唐僖宗下诏任命黄巢为右卫将军，但有一个附加条件，就是要求黄巢至郓州解散军队。
没有军队就没有了谈判的筹码，这个道理黄巢肯定是阴白的，他答应投降也只是缓兵之计，解散军队的要求当然只是朝廷的一厢情愿。
朝廷还在等着黄巢的投降呢，黄巢知道北方此时难以立足，大家一商量，决定还是先避开官军锋芒再说，反正就是你弱我就打，你追我就走。
农民军想从滑州（滑县）攻打宋州、汴州，也就是攻打商丘、开封一带，但被招讨使张自勉的军队阻挡。黄巢又转而进攻卫南县（滑县东），接着进攻许昌一带的叶县、阳翟（禹州市）等地，目标还是对准东都洛阳，至少在心理上让朝廷感受到这一点，引起朝廷的心理恐慌。